2013年11月，扬子江船业控股公司宣布在上海自由贸易试验区新注册成立一家注册资本为300万美元的全资子公司——上海润元船舶管理有限公司，其核心业务包括负责自营国际航运船舶的运营管理、负责收购国际航运二手旧船并自营或出租运营的管理、负责对集团交办的其他专项事务或船舶的管理。2018年元月，集团为做大航运，收购并成立上海华元航运有限公司，将其纳入扬子江航运公司的管理范畴。以内贸船为主的上海华元航运有限公司主要负责自营国内航运船舶的运营管理、负责收购国内二手旧船并自营或出租运营的管理、负责对集团交办的其他专项事务或船舶的管理。至此，构建起国际和国内两大航运公司体系。
从2013年开始，集团努力加强航运团队建设，形成有自主管理能力、有独立对外承运的航运经营技术团队。船舶规模逐年扩大，从2013年的6艘92500DWT散货船到2020年包含7艘92500DWT散货船、5艘82000DWT外贸散货船、4艘47500DWT内贸散货船在内的23艘自营船队。船队的载重吨也随之逐年变大，从2013年的55.5万载重吨到2020年的156.26万载重吨。随着航运租赁业的逐步扩大，其营业收入从2013年的316万美元增长至2020年的12362万美元，净利润也从2013年的178万美元增长至2020年的2935万美元。
2020年4月起，集团将国际航运公司(上海润元船舶管理有限公司)和国内航运公司(上海华元航运有限公司)分开进行运营管理。
除正常的船队管理运营之外，航运公司还利用作为船东公司的优势预签合同，为经营接单提供了便利和成本优势，配合集团经营需要处置不良资产，为集团承接新船项目起到保证性作用。2013-2020年间，航运公司先后下单建造外贸船27艘，已成功转售13艘，下单建造内贸船6艘。
如今，集团的航运租赁对主业的支撑作用已不可缺失，不仅成为了造船主业的储水池和调节器，还积极发挥融资造船的管理平台作用，成为主业盈利的主要来源。未来，航运租赁将成为扬子江造船区别于其他造船集团的一个优势业务板块和盈利能力强的板块。